Высшим исполнительным органом государственной власти города является Правительство Москвы, которое формирует и возглавляет Мэр города.
В состав Правительства входят заместители Мэра в Правительстве Москвы (в том числе первые заместители), руководитель аппарата Мэра и Правительства Москвы в ранге первого заместителя Мэра, министры Правительства Москвы и префекты административных округов в ранге министров Правительства Москвы.
Правительство Москвы осуществляет защиту конституционных прав и свобод, регулирование социально-экономической и жилищно-коммунальной сфер, принимает меры по обеспечению единства городского хозяйства и по развитию города, разрабатывает и утверждает городские целевые программы и обеспечивает их реализацию, формирует городской заказ и обеспечивает его размещение, осуществляет инвестиционную политику и функции городского инвестора, учреждает городские организации, назначает и освобождает от должности их руководителей, осуществляет законопроектную работу в порядке, установленном законами и иными правовыми актами города Москвы, при необходимости направляет в Конституционный суд РФ запросы в соответствии с Конституцией РФ, в том числе для разрешения споров о компетенции.
Отраслевыми и функциональными органами исполнительной власти города Москвы, подведомственными Правительству Москвы, являются департаменты, комитеты, главные управления, управления, инспекции.
Территориальными органами исполнительной власти города, подведомственными Правительству Москвы, являются 10 префектур административных округов, возглавляемых префектами административных округов, и 123 управы районов, возглавляемые главами управ районов.
Комплексы городского управления
Отраслевые и функциональные органы исполнительной власти города распределены по пяти приоритетным для столицы направлениям — комплексам городского управления (за исключением отдельных служб, непосредственно подчиненных Мэру Москвы):
Комплекс городского хозяйства;
Комплекс градостроительной политики и строительства;
Комплекс экономической политики и развития города Москвы;
Комплекс социальной сферы;
Комплекс имущественно-земельных отношений.
Аппарат Мэра и Правительства Москвы
В целях обеспечения деятельности Мэра и Правительства Москвы образован аппарат Мэра и Правительства Москвы, который уполномочен осуществлять подготовку проведения заседаний Правительства, организацию работы Правительства, формирование плана его работы и перечня вопросов для обсуждения на заседаниях Правительства Москвы, а также правовое, организационное, информационное, документационное и материально-техническое обеспечение деятельности Правительства Москвы.
Префектуры административных округов
В 10 административных округах города Москвы образованы территориальные органы исполнительной власти — префектуры административных округов. Префектуры, возглавляемые префектами административных округов, осуществляют в пределах установленных правовыми актами города Москвы полномочий контрольную, координирующую и исполнительно-распорядительную деятельность на территориях административных округов города. Административный округ включает в себя несколько районов города Москвы, где осуществляют свою работу управы районов, также являющиеся территориальными органами исполнительной власти.
Префекты административных округов:
участвуют с правом решающего голоса в рассмотрении вопросов на заседаниях Правительства;
принимают участие в подготовке постановлений и распоряжений Правительства, обеспечивают их исполнение;
обладают иными полномочиями, возложенными на них Правительством Москвы или Мэром Москвы.